Die Garnisonkirche war der Kristallisationspunkt preußischer Identität und monarchischen Machtanspruchs. Seit 1789 wurden die Fahnen alter und besonders ruhmreicher Regimenter der preußischen Armee im Kirchenschiff ausgestellt. Seit den napoleonischen Befreiungskriegen kamen Beutefahnen hinzu. Nach der preußischen Union von 1817 erhielt die bis dahin calvinistisch schlichte Garnisonkirche Kruzifixe, Leuchter, Gemälde. Ab 1897 wurde das Kircheninnere auf Anweisung Kaiser Wilhelms II. in neobarockem Stil überformt.

Die Wagner-Orgel der Garnisonkirche war berühmt und ihr 40 Glocken umfassendes Glockenspiel ertönte in halbstündigem Wechsel über die ganze Stadt. Die beiden berühmten Melodien zu ‚Üb immer Treu und Redlichkeit’ sowie ‚Lobe den Herren’ prägten über 150 Jahre das kollektive Gedächtnis der Stadt. Insbesondere für die Soldaten in der gegenüberliegenden Semper Talis Kaserne, in der das erste Garde-Regiment zu Fuß und später das berühmte Infanterieregiment 9 ansässig waren, wurde eine einzigartige christlich-preußische Lebenshaltung verankert. Viele Männer aus dem bürgerlich-konservativen Hitler-Widerstand hatten hier entscheidende Jahre der Ausbildung verbracht.

Friedrich Wilhelm III., seine Frau Königin Luise und Zar Alexander II. trafen sich am 5. Dezember 1805 am Rande der napoleonischen Befreiungskriege in Potsdam. In der Gruft der Garnisonkirche wurde in einer nächtlich-romantischen Zeremonie am Sarg des großen Friedrich der Bund gegen Napoleon beschworen. Nicht einmal ein Jahr später, am 25. Oktober 1806, stand der siegreiche Napoleon an derselben Stelle und soll geäußert haben: ‚Wenn dieser noch lebte, stände ich nicht hier.’