In den Jahren des nationalsozialistischen Hitler-Regimes steht die Garnisonkirche im Spannungsbogen zwischen Missbrauch und Widerstand. Gegen den Widerstand des evangelischen Kirchenrats, Otto Dibelius, fand am 21. März 1933 der Staatsakt zur Einführung des neu gewählten Reichstags in der Garnisonkirche statt. Die ‚Potsdamer Rührkomödie’, wie NS-Propagandaminister Goebbels sie nannte, diente der Legitimation des Hitlerregimes. Die Auswahl des Ortes war Programm: Die Fortsetzung der preußischen Traditionslinien schien mit dieser Inszenierung als gewährleistet. Der Handschlag von Hindenburg und Hitler in Potsdam  als Schulterschluss zwischen Preußen und dem Nationalsozialismus verfehlte seine nachhaltige Wirkung nicht. Noch 35 Jahre später ein willkommener Grund,  diese Kirche zur Untermauerung der sozialistischen Ideologie aus dem kollektiven Bewusstsein zu sprengen.

Den Predigern und der Soldaten- wie der Zivilgemeinde gelang es, sich dem Einfluss der NS-gesteuerten Gruppierung der ‚Deutschen Christen’ zu entziehen, im Gegensatz zu den meisten anderen protestantischen Kirchen. Grund hierfür war unter anderem die verhältnismäßig große Unabhängigkeit der Wehrmacht und der Wehrmachtspfarrer von der Partei.

Die Garnisonkirche war der geistliche Mittelpunkt der Militärstadt Potsdam, insbesondere aber des gegenüber beheimateten Infanterieregiments 9, aus dem ein großer Teil der Männer des christlich-konservativen Widerstands vom 20. Juli 1944 hervorging. Berühmt geworden ist die Rede des Generalmajors Henning von Tresckow, die er am 11. April 1944 anlässlich der Konfirmation seiner Söhne in der Garnisonkirche hielt.