Die Jahrzehnte nach dem Krieg sind für die Garnisonkirche von Zerstörung und Neuanfang geprägt: In der ‚Nacht von Potsdam’ am 14.4.1945, dem Luftangriff britischer Bomber auf die Innenstadt, brannte die Garnisonkirche aus. Die Sarkophage des ‚Soldatenkönigs’ und ‚Friedrichs des Großen’, waren zuvor evakuiert worden. Sonst konnten nur wenige Teile der Innenausstattung gerettet werden. Die mächtigen Mauern des Turms und des Kirchenschiffs blieben jedoch erhalten. Sie überstanden auch den Artillerie- und Panzerbeschuss während der anschließenden Belagerung Potsdams durch die ‚Rote Armee’. Nach dem Krieg benannte sich die Zivilgemeinde in ‚Heilig-Kreuz-Gemeinde’. Sie richtete 1950 im Turm die ‚Heilig-Kreuz-Kapelle’ ein und bereitete mit provisorischen Sicherungsarbeiten die Wiederherstellung der Garnisonkirche vor. Im Zuge der ‚sozialistischen Umgestaltung des Zentrums der Bezirkshauptstadt Potsdam’ wurden weit mehr Gebäude abgerissen als der Krieg zerstört hat.

Ehemalige Angehörige des Ersten Garde-Ulanen-Regiments zu Fuß wurden gezwungen, das neben der Garnisonkirche stehende ‚Semper-Talis’ Denkmal für ihre gefallenen Kameraden abzureißen. Ab 1961 begann man den Stadtkanal sukzessive zu zuschütten. Fünf Jahre später ließ der Rat des Bezirks Potsdam die Heilig-Kreuz-Kapelle sperren und 1968 ist der Beschluss gegen drei mutige Nein-Stimmen gefasst: Der Abriss ist besiegelt. Die Kirchengemeinde wird trotz massiver Proteste enteignet. Die Sprengung der Garnisonkirche erfolgt unter Ausschluss der Öffentlichkeit. Am 14.5.1968 werden die Königsgruft und das Kirchenschiff gesprengt.

Am 23.Juni folgte die endgültige Sprengung. Die Trümmer werden zum Teil zum Aufschütten der Havelbucht verwandt. Dem Stadthistoriker wird gestattet, einige Teile für das Potsdam Museum zu bergen. Heute sind sie in der Ausstellung zur Garnisonkirche zu besichtigen. An der Stelle der Garnisonkirche wird von 1969 bis 1971 das Datenverarbeitungszentrum des Bezirks Potsdam errichtet. Das Gebäude wird heute vom Landesamt für Datenverarbeitung genutzt. An den Wandfeldern sind Mosaiken zum Thema ‚Der Mensch erobert den Weltraum’ angebracht. Das Grundstück auf dem das Rechenzentrum steht, wird von der Landeshauptstadt Potsdam als Beitrag in die Stiftung Garnisonkirche mit eingebracht. Das Gebäude wird für den Wiederaufbau der Garnisonkirche abgerissen.

Noch vor der Wende im Jahr 2002 gründete sich der Verein Traditionsgemeinschaft Potsdamer Glockenspiel e.V. der sich den Wiederaufbau der Garnisonkirche zum Ziel gesetzt hatte. Aufgrund von Schwierigkeiten, die unterschiedlichen Ziele und Vorstellungen des Wiederaufbauprojektes auf einen Nenner zu bringen, wurde eine Zusammenarbeit zwischen TPG, Stadt und ev. Kirche Potsdam eingestellt. Der Verein löste sich auf und überführte das Kapital in eine eigens gegründete Stiftung. Im Jahr 2002 wurde die Fördergesellschaft für den Wiederaufbau der Garnisonkirche gegründet. Die Stadt und die evangelische Kirche Potsdam sind durch Vertreter im Vorstand der Gesellschaft repräsentiert. Als Schirmherren vertreten sind der Ministerpräsident des Landes Brandenburg Matthias Platzeck, der Innenminister und CDU-Vorsitzende Jörg Schönbohm sowie der EKD-Ratspräsident Bischof Wolfgang Huber.

Mit der Gründung einer Stiftung im Jahr 2008, getragen von Stadt, Land und evangelischer Kirche ist das Vorhaben in eine sichere institutionelle Form gegossen worden.