Am 23. Juni 2008 wurde im Anschluss an einen Gottesdienst mit Bischof Dr. Wolfgang Huber die kirchliche Stiftung Garnisonkirche Potsdam in Anwesenheit zahlreicher prominenter Persönlichkeiten gegründet. Das Datum für die Stiftungsgründung war bewusst gewählt worden: Auf den Tag genau vierzig Jahre zuvor ließ der SED-Unrechtsstaat die wiederaufbaufähige Garnisonkirche trotz massiver Proteste im In- und Ausland ausgerechnet an einem Sonntag zur Gottesdienstzeit sprengen.

Zweck und Ziel der gegründeten Stiftung ist der Wiederaufbau der Potsdamer Garnisonkirche. Die wieder gewonnene Garnisonkirche soll zukünftig als offene Stadtkirche, als Symbolkirche und als Schule des Gewissens genutzt werden. Es geht um die Heilung einer offenen Wunde im Stadtbild Potsdams und um den christlichen Auftrag, Botschafter der Versöhnung an Christi statt zu sein.

Darüber hinaus soll das Gedächtnis an die mit Potsdam in Verbindung stehenden Widerstandskämpfer gewahrt werden, die sich gegen die nationalsozialistische Gewaltherrschaft zur Wehr setzten.

Mit Unterzeichnung und Inkrafttreten des Stiftungsgeschäftes hat ein Gründungsvorstand die Geschäfte aufgenommen. Dieser besteht aus Pfarrer Martin Vogel, dem Persönlichen Referenten von Bischof Huber, und Peter Leinemann, dem Geschäftsführer des Evangelisch-Kirchlichen Hilfsvereins. Die Stiftung strebt die Zusammenarbeit mit Partnern aus Wissenschaft, Kultur, Medien und Wirtschaft an. Unterstützt wird die Stiftung durch die Fördergesellschaft für den Wiederaufbau der Garnisonkirche Potsdam e.V., die geborener Partner der Stiftung ist und diese bei der Einwerbung von Geldern für den Wiederaufbau unterstützen wird. Zur Fördergesellschaft zählen heute ca. 800 Mitglieder in der Region, im übrigen Deutschland und in der ganzen Welt. Sie hat es in wenigen Jahren geschafft, ein großes Netzwerk von Unterstützern aufzubauen.