Turm: Die heutigen Baunormen erfordern es, im Turm zwei Treppen mit direktem Ausgang nach außen zu schaffen. Sie werden innerhalb der Turmpfeiler ihren Platz finden, ebenso Sanitärräume und ein Aufzug. Die früheren beiden Treppenhäuser neben dem Turm,  drei Ebenen im Mittelteil des Turmes und der Bodenraum über dem Kirchenschiff  stehen neuen Nutzungen zur Verfügung, u.a. für eine Kapelle, ein Vestibül und Funktionsräume für die Stadtkirchen-, Symbolkirchen- und Friedens- und Versöhnungsarbeit.

Glockenspiel: Das von der Traditionsgemeinschaft Potsdamer Glockenspiel gestiftete neue Glockenspiel soll wieder in der Turmlaterne seinen Platz finden. Möglicherweise kann eine mechanische Bedienung über einen Stockenspieltisch wiederhergestellt werden.

Geläut: Das schwingende Geläut war eine späte Zutat von 1939 und sollte unter Verwendung der beiden 1950 gegossenen Bronzeglocken rekonstruiert  werden.

West- und Ostflügel: Die ehemaligen Treppenhäuser können in vier Etagen mit zusammen etwa 400 m² Grundfläche ausgebaut werden. Die neue inhaltliche Bestimmung kann sich im inneren Ausbau widerspiegeln, der barrierefrei und mit moderner Technik zu gestalten sein wird.

Kirchenschiff: Da das Äußere der Kirche in der historischen Form von 1730/35 wiederhergestellt werden soll, muß auch der Innenraum dem Zustand von 1732 angenähert werden. Hierzu gehört die Querausrichtung des Raumes und die Anordnung von Altar, Kanzel und Orgel an der Turmseite übereinander. Der neubarocke Zustand von 1898 soll nicht rekonstruiert werden, weil hierdurch eine bauliche Entwicklung suggeriert würde, die der zu errichtende Neubau nicht durchgemacht hat. Der Ausbau der Emporenbereiche zu beiden Seiten der Kanzel für zusätzliche Nutzungen ist denkbar. Unter Berücksichtigung der heutigen bautechnischen Auflagen sind maximal 2.500 Plätze, bei Ausbau der Südemporen 2.000 Plätze zu erzielen.

Militärischer Schmuck: Um zu verdeutlichen, daß es sich nicht um den Ursprungsbau handelt, kann im Kircheninneren auf den militärischen Schmuck verzichtet werden, ohne die Gesamtwirkung zu beeinträchtigen. Zugleich wird damit klargestellt, daß es sich nicht mehr um eine Militärkirche handelt.

Altar: Der erhaltene Feldaltar als wichtige Verbindung zur Vergangenheit soll wieder aufgestellt und mit dem ebenfalls erhaltenen Kruzifix und Leuchterpaar aus der Zeit der Preußischen Union von 1817 geschmückt werden.

Kanzel: Eine Rekonstruktion des Kanzel-Baues dürfte wegen mangelhafter Unterlagen und immenser Kosten vorerst nicht realisierbar sein. Hier könnte eine Gestaltung Platz finden, die Bezug nimmt auf die Formensprache des historischen Erscheinungsbildes und zugleich auf die Geschichte des Hauses.

Gruft: Die historisch bedeutsame Gruft unter der Kanzel wird wiederhergestellt. Während der Sarkophag Friedrichs des Großen im Schloßpark Sanssouci seine endgültige Bleibe gefunden hat, könnte der Sarkophag Friedrich Wilhelms I. , des Patrons der Garnisonkirche, auf Wunsch des Hauses Hohenzollern hier wieder seinen Platz finden.

Orgel: Die Rekonstruktion der Wagner-Orgel ist technisch möglich und ist vorgesehen, zumal hierfür eine ausreichende Spendenzusage vorliegt. In der Potsdamer Orgellandschaft fehlt ein solches Instrument; zugleich bietet sich die Möglichkeit, anhand einer wiedergewonnenen dreimanualigen Wagner-Orgel (eine solche blieb sonst nicht erhalten) die Klangvorstellungen des Meisters nachzuvollziehen.

Dachboden: Der früher nicht genutzte Dachboden des Kirchenschiffs bietet ausreichenden Raum vorgesehene Einrichtung einer Gedenkstätte für die Opfer des von Potsdam ausgehenden Widerstandes gegen das nationalsozialistische Regime, besonders für die Männer des 20. Juli 1944.

Kirchenäußeres: Das Äußere der Kirche wird in der historischen Form von 1730/35 wiederhergestellt, einschließlich der Wetterfahne.

Umgebung: Es wird angestrebt, die Umgebung der Garnisonkirche weitestmöglich in den Zustand vor ihrer Zerstörung zu bringen. Ob es gelingt, die „Plantage” hinter der Garnisonkirche wiederherzustellen und den benachbarten „Langen Stall” wieder aufzubauen, ist jedoch zurzeit noch nicht abzusehen. Vor dem Eingang des Turms zur Kapelle wird ein großes Nagelkreuz errichtet werden.