Weithin überstrahlte die riesige, vergoldete Wetterfahne der Garnisonkirche die Stadt, symbolträchtig hinweisend auf den Wahlspruch Friedrich Wilhelms I.: „Nec soli cedit” [Nicht einmal der Sonne weicht er]. Der zur Sonne auffliegende Adler versinnbildlichte dabei den zu Christus (Sonne) aufstrebenden Gläubigen.

In der obersten, offenen Turmlaterne richtete der „Glockenist” und Organist der Berliner Parochialkirche, Arnoldus Carsseboom (1684-1758), das berühmt gewordene Glockenspiel ein.

Den Quersaal des Kircheninneren gliederte Gerlach durch kolossale korinthische Pfeilerarkaden mit Korbbögen in drei Schiffe. Durch dazwischen eingespannte umlaufende Doppelemporen fanden über 3000 Besucher in der Kirche Platz. Auf der nördlichen Langseite waren übereinander die Hofdamenloge und die Offiziers- und Königsloge angeordnet.

Im Süden fand in Höhe der ersten Empore die Kanzel ihren Platz, darüber stand die große Orgel von Joachim Wagner mit dem von reichem beweglichen Figurenschmuck bekrönten Prospekt. Das dreimanualige Instrument besaß 42 klingende Stimmen und ein Glockenspiel im Pedal. Johann Sebastian Bach spielte darauf während seines Potsdam-Besuches 1747 vor Friedrich dem Großen.

An zentraler Stelle ließ Friedrich Wilhelm i. ein „königliches Monument” errichten, das Kanzel und Gruft zu einer architektonischen Einheit verband und eine der bedeutendste Leistung dieser Art darstellte. Die schwarzen Marmorsarkophage, die der König in Holland hatte anfertigen lassen, waren dementgegen völlig schmucklos. Friedrich Wilhelm I. wurde am Tag nach seinem Tod (31. Mai 1740) hier beigesetzt, Friedrich der Große am 18. August 1786. Letzterer entgegen seinem ausdrücklichen Wunsch. Bekanntermaßen ist sein Leichnam erst am 17. August 1991 in die Gruft auf der oberen Terrasse von Sanssouci umgebettet worden.

Kaiser Wilhelm II. (1859-1941) ließ 1897/98 von Friedrich Laske (1854-1924) den den Innenraum der Garnisonkirche in neubarocken Formen umgestalten und 1910 trat an die Stelle des mobilen, hölzernen Feldaltars ein prachtvoll verzierter neubarocker Altar aus Marmor, den ebenfalls Laske entworfen hatte.